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diff --git a/magic/Magdir/bioinformatics b/magic/Magdir/bioinformatics new file mode 100644 index 0000000..0c761ed --- /dev/null +++ b/magic/Magdir/bioinformatics @@ -0,0 +1,178 @@ + +#------------------------------------------------------------------------------ +# $File: bioinformatics,v 1.4 2016/06/20 16:13:46 christos Exp $ +# bioinfomatics: file(1) magic for Bioinfomatics file formats + +############################################################################### +# BGZF (Blocked GNU Zip Format) - gzip compatible, but also indexable +# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) +############################################################################### +0 string \037\213 +>3 byte &0x04 +>>12 string BC +>>>14 leshort &0x02 Blocked GNU Zip Format (BGZF; gzip compatible) +>>>>16 leshort x \b, block length %d +!:mime application/x-gzip + + +############################################################################### +# Tabix index file +# used by SAMtools bgzip/tabix (http://samtools.sourceforge.net/tabix.shtml) +############################################################################### +0 string TBI\1 SAMtools TBI (Tabix index format) +>0x04 lelong =1 \b, with %d reference sequence +>0x04 lelong >1 \b, with %d reference sequences +>0x08 lelong &0x10000 \b, using half-closed-half-open coordinates (BED style) +>0x08 lelong ^0x10000 +>>0x08 lelong =0 \b, using closed and one based coordinates (GFF style) +>>0x08 lelong =1 \b, using SAM format +>>0x08 lelong =2 \b, using VCF format +>0x0c lelong x \b, sequence name column: %d +>0x10 lelong x \b, region start column: %d +>0x08 lelong =0 +>>0x14 lelong x \b, region end column: %d +>0x18 byte x \b, comment character: %c +>0x1c lelong x \b, skip line count: %d + + +############################################################################### +# BAM (Binary Sequence Alignment/Map format) +# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BAM\1 SAMtools BAM (Binary Sequence Alignment/Map) +>0x04 lelong >0 +>>&0x00 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with SAM header +>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s +>>&(0x04) lelong >0 \b, with %d reference sequences + + +############################################################################### +# BAI (BAM indexing format) +# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) +############################################################################### +0 string BAI\1 SAMtools BAI (BAM indexing format) +>0x04 lelong >0 \b, with %d reference sequences + + +############################################################################### +# CRAM (Binary Sequence Alignment/Map format) +############################################################################### +0 string CRAM CRAM +>0x04 byte >-1 version %d. +>0x05 byte >-1 \b%d +>0x06 string >\0 (identified as %s) + + +############################################################################### +# BCF (Binary Call Format), version 1 +# used by SAMtools & VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/bcf.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BCF\4 +# length of seqnm data in bytes is positive +>&0x00 lelong >0 +# length of smpl data in bytes is positive +>>&(&-0x04) lelong >0 SAMtools BCF (Binary Call Format) +# length of meta in bytes +>>>&(&-0x04) lelong >0 +# have meta text string +>>>>&0x00 search ##samtoolsVersion= +>>>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s + + +############################################################################### +# BCF (Binary Call Format), version 2.1 +# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BCF\2\1 Binary Call Format (BCF) version 2.1 +# length of header text +>&0x00 lelong >0 +# have header string +>>&0x00 search ##samtoolsVersion= +>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s + + +############################################################################### +# BCF (Binary Call Format), version 2.2 +# used by SAMtools (http://samtools.github.io/hts-specs/BCFv2_qref.pdf) +# data is normally present only within compressed BGZF blocks (CDATA), so use file -z to examine it +############################################################################### +0 string BCF\2\2 Binary Call Format (BCF) version 2.2 +# length of header text +>&0x00 lelong >0 +# have header string +>>&0x00 search ##samtoolsVersion= +>>>&0x00 string x \b, generated by SAMtools version %s + +############################################################################### +# VCF (Variant Call Format) +# used by VCFtools (http://vcftools.sourceforge.net/) +############################################################################### +0 search ##fileformat=VCFv Variant Call Format (VCF) +>&0 string x \b version %s + +############################################################################### +# FASTQ +# used by MAQ (http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml) +############################################################################### +# XXX Broken? +# @<seqname> +#0 regex =^@[A-Za-z0-9_.:-]+\?\n +# <seq> +#>&1 regex =^[A-Za-z\n.~]++ +# +[<seqname>] +#>>&1 regex =^[A-Za-z0-9_.:-]*\?\n +# <qual> +#>>>&1 regex =^[!-~\n]+\n FASTQ + +############################################################################### +# FASTA +# used by FASTA (http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_guide.pdf) +############################################################################### +#0 byte 0x3e +# q>0 regex =^[>][!-~\t\ ]+$ +# Amino Acid codes: [A-IK-Z*-]+ +#>>1 regex !=[!-'Jj;:=?@^`|~\\] FASTA +# IUPAC codes/gaps: [ACGTURYKMSWBDHVNX-]+ +# not in IUPAC codes/gaps: [EFIJLOPQZ] +#>>>1 regex !=[EFIJLOPQZefijlopqz] \b, with IUPAC nucleotide codes +#>>>1 regex =^[EFIJLOPQZefijlopqz]+$ \b, with Amino Acid codes + +############################################################################### +# SAM (Sequence Alignment/Map format) +# used by SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf) +############################################################################### +# Short-cut version to recognise SAM files with (optional) header at beginning +############################################################################### +0 string @HD\t +>4 search VN: Sequence Alignment/Map (SAM), with header +>>&0 regex [0-9.]+ \b version %s +############################################################################### +# Longer version to recognise SAM alignment lines using (many) regexes +############################################################################### +# SAM Alignment QNAME +0 regex =^[!-?A-~]{1,255}(\t[^\t]+){11} +# SAM Alignment FLAG +>0 regex =^([^\t]+\t){1}[0-9]{1,5}\t +# SAM Alignment RNAME +>>0 regex =^([^\t]+\t){2}\\*|[^*=]*\t +# SAM Alignment POS +>>>0 regex =^([^\t]+\t){3}[0-9]{1,9}\t +# SAM Alignment MAPQ +>>>>0 regex =^([^\t]+\t){4}[0-9]{1,3}\t +# SAM Alignment CIGAR +>>>>>0 regex =\t(\\*|([0-9]+[MIDNSHPX=])+)\t +# SAM Alignment RNEXT +>>>>>>0 regex =\t(\\*|=|[!-()+->?-~][!-~]*)\t +# SAM Alignment PNEXT +>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){7}[0-9]{1,9}\t +# SAM Alignment TLEN +>>>>>>>>0 regex =\t[+-]{0,1}[0-9]{1,9}\t.*\t +# SAM Alignment SEQ +>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){9}(\\*|[A-Za-z=.]+)\t +# SAM Alignment QUAL +>>>>>>>>>>0 regex =^([^\t]+\t){10}[!-~]+ Sequence Alignment/Map (SAM) +>>>>>>>>>>>0 regex =^[@]HD\t.*VN: \b, with header +>>>>>>>>>>>>&0 regex =[0-9.]+ \b version %s |